El Comité Directivo está compuesto por una Presidencia, una Vicepresidencia, una Tesorería, Vocalías y una Secretaría Ejecutiva.

El primer Comité Directivo del COMEPO, con carácter de transitorio, estuvo integrado por las instituciones organizadoras del XV Congreso Nacional de Posgrado: la UNAM (Presidencia), la UAM (Tesorería), el IPN, la UV y el INECOL (Vocalías).

Dicho Comité desempeñó sus funciones por un periodo de dos años, noviembre 2001 - diciembre 2003, logrando la consolidación del COMEPO la cual permitió organizar las primeras elecciones, para Presidente (por única ocasión) y Vicepresidente. Dichas elecciones se realizaron en la Segunda Reunión Ordinaria de la Asamblea de Asociados, el día 27 de octubre de 2003 en la Universidad Autónoma de Aguascalientes, en el marco del XVII Congreso Nacional de Posgrado.

El Comité Directivo electo inicia su periodo de gestión en enero de 2004 para concluir en diciembre de 2005.

Es importante destacar que la ANUIES y la Academia Mexicana de Ciencias aceptaron desde un principio sumarse a esta iniciativa como Miembros Honorarios. En este mismo sentido, el CONACYT y la Subsecretaría de Educación Superior e Investigación Científica de la SEP fungen como Miembros Consejeros del COMEPO.