El COMEPO se propone operar a través de Comisiones de Trabajo y Representaciones Estatales, que dirijan los programas que establezca para la consecución de sus objetivos.
Los programas son definidos con base en las aportaciones y propuestas de las IES Asociadas y constituyen la plataforma del Plan de Trabajo Anual del Comité Directivo.
Entre éstas destacan: